De Laagte van Pijnenburg vormt de natte verbinding tussen de Eem en de Vecht en trekt als nat en lager gelegen terrein de daarbij behorende planten en diersoorten aan waaronder veel libellensoorten. Het hoogveen dat hier in het Holoceen ontstond werd in de 12e en 13e eeuw afgegraven voor turfwinning. Via de Pijnenburgergrift/Praamgracht, die ook belangrijk was voor de afwatering van deze veengebieden kon men de turf vervoeren via de Eem naar de markten van Amersfoort, Naarden en Utrecht. Een ander, hoger gelegen gebied op het landgoed, het Hooge Erf, bevindt zich juist op 21 m NAP en is een uitloper van de stuwwal.
Op deze hogere, door het ijs opgestuwde gronden, ontstonden nederzettingen. Er bevinden zich hier nog grafheuvels uit de Bronstijd (2200 – 800 v. Chr.).
In 1860 werd een groot deel van Landgoed Pijnenburg per openbare veiling verkocht. Het overgrote deel werd aangekocht door Herman Albrecht Insinger, koopman uit Amsterdam. Het toen nog jonge gezin gebruikte aanvankelijk de buitenplaats slechts als zomerverblijf vanuit Amsterdam, maar verhuisde er uiteindelijk naar toe voor permanente bewoning. In 1868 overleed zijn vrouw Johanna Jacoba Wilhelmina, waarmee hij in 1853 was getrouwd, op 38-jarige leeftijd aan de gevolgen van tuberculose. Van hun zeven kinderen, overleden ook drie zonen tijdens hun leidse studietijd tussen 1879 en 1881 aan de ziekte. Na het overlijden van zijn derde zoon, Willem, verliet Herman Albrecht Insinger de buitenplaats, verbitterd, en vestigde zich tot aan zijn dood in 1911 in Parijs. Het huis werd in zijn afwezigheid bewoond door een huishoudster.
Het landgoed werd aanvankelijk nog beheerd door zijn jongste zoon Frederik Insinger maar bleef tussen 1890 en 1910 waarschijnlijk vrijwel onbeheerd. Pas nadat de enige zoon van Jan Herman, Edmond (1892 – 1951) na de dood van zijn grootvader in 1911 het landgoed erfde en het huis ging bewonen, keerde de bedrijvigheid op het landgoed terug.
Nu bewoont de tweede zoon van Jan Herman Odo Insinger, Per Insinger (1953), de buitenplaats. Hij is eigenaar van het huis en het omliggende park, de Binnenplaats genoemd en beherend mede-eigenaar van het landgoed dat hij deelt met zijn zuster Cécile Endtz – Insinger.
Op de bovenste foto ziet u een afbeelding van Pijnenburg uit 1805. Op de onderste foto ziet u Pijnenburg in 1905.